Visokoškolsko obrazovanje pomorskih stručnjaka počinje rano, osnivanjem Više pomorske škole u Splitu 1959., a u Šibeniku Fakultet djeluje od 1995.

Pomorski fakultet u Splitu jedina je znanstveno-nastavna sastavnica Sveučilišta u Splitu koja je u lipnju 2000. godine dobila svjedodžbu kvalitete ISO 9002 od klasifikacijskih društava Bureau Veritas i Hrvatskog registra brodova za visokoškolsko obrazovanje i izobrazbu, znanstveni i stručni rad, te izdavačku djelatnost. Obrazovanje je sukladno zahtjevima STCW konvencije i Pravilnika o zvanjima i svjedodžbama o osposobljenosti pomoraca na brodovima trgovačke mornarice Republike Hrvatske.

S novom akademskom godinom u Hrvatskoj započinje novi sustav sveučilišnih studija, usklađen s bolonjskim procesom, nazvanim prema Bolonjskoj deklaraciji (19. lipnja 1999.), jednim od ključnih dokumenata što su ga ministri vlada zemalja Europske unije potpisali s ciljem usklađivanja sveučilišnih studija na europskoj razini.

Pomorski fakultet u Splitu prihvatio je trajnu modernizaciju studija, pa u skladu s Bolonjskom deklaracijom ustrojava preddiplomske i diplomske sveučilišne studije. Studijski programi Fakulteta svrstavaju se u grupaciju tehničkih znanosti, polje tehnologije prometa i transporta, grana pomorski promet. Programi predviđaju, proučavanjem temeljnih i izbornih kolegijia, održavanje suvremenosti studija. Cilj i svrha svih programa je obrazovanje pomorskih stručnjaka prema svjetskim standardima i normama te oživotvorenje principa da je cjeloživotno obrazovanje osnovni element europskog visokog obrazovanja. Specifična odlika studija je usporedivost sa studijskim programima sličnih visokih učilišta u svijetu i Europskoj uniji, izrazita multidisciplinarnost te prožetost znanosti i struke.